Para los que no saben qué es el sistema de archivos NTFS ó FAT32 (FAT), diremos que es un método de formateo que utiliza todo disco de almacenamiento (disco duro, pendrive…) para organizar los ficheros (datos) que en este se encuentre, claro está que ambos poseen sus ventajas y desventajas pero para los que tenemos ciertos conocimientos de informática sabemos que el sistema NTFS trae mayores beneficios:
Asignación de permisos, cifrado de carpetas/archivos, compresión de archivos y su principal ventaja la posibilidad de almacenar grandes archivos, cosa que no ocurre con FAT. Aunque también sería correcto mencionar las desventajas de NTFS: leve pérdida de almacenamiento (Kb) que es algo insignificante. 
Entonces ¿Quiénes deben utilizar el sistema NTFS? Lo recomendable es para aquellos que tengan memorias de gran capacidad mayores a 8GB.
Ahora bien, todas las memorias USB vienen de fábrica formateadas en FAT32, sin embargo podremos cambiar esto, en Windows Vista y 7 puedes hacerlo normalmente pero en XP esta opción está deshabilitada por lo que haremos un sencillo cambio en la configuración:
En Mi PC seleccionamos la opción Propiedades con el clic derecho en el dispositivo, luego en la pestaña Hardware seleccionamos nuestra memoria USB y clic en el botón Propiedades; aparecerá una nueva ventana donde escogeremos Optimizar para rendimiento dentro de la pestaña Directivas.  
Con esto el sistema NTFS estará disponible al momento de formatear nuestro dispositivo USB en Windows XP; para formatear selecciona Propiedades con el clic derecho sobre el dispositivo desde Mi PC y luego la opción Formatear.
Aunque la forma más sencilla para formatear una memoria USB es utilizando un programa, puedes descargarlo aquí.
Advertencia.- al formatear se borrarán todos los archivos del dispositivo por lo que se recomienda realizar una copia de ellos (Backups), puedes utilizar USB Utilities.